Il n'y a pas de lien 'évidenent' entre toutes tes actions!
Pour produire les erreurs mentionnées (squid already running, creating swap dirrectories) il faut lancer (relancer) squid.
Ce qui s'obtient par la commande 'restartsquid' dans l'IPCop.
Commande elle même utilisée dans sproxy.cgi SEULEMENT quand la sproxy.cgi est appelée avec le bouton 'lance/relance squidguard'.
Et ce n'est pas ce que tu dis faire
Ensuite les mises à jour de IPCop ne touchent absolument pas au contenu des fichiers de config de sg pour la simple raison qu'ils ne sont pas censés exister. Peut être un chown/chmod * un peu trop large bien que cela ne me dise rien (lis les setup appliqués par chaque patch).
Alors une fois de plus, je pense que l'on cherche au mauvais endroit ou pas de la bonne façon.
Commences par arreter squid
Kill tout les squid restant
Kill tout les process squidguard
Et envoir un simple "restartsquid"
Pour ton fichier de conf, il a été enregistré avec les valeurs passées dans ta facon de charger la page 'sproxy.cgi', je ne vois pas d'autre explication possible.
Si tu as le backup (sgsettings.backup) copie le sous le sgsettings.