Salut,
Je suis ce sujet depuis un moment, mais c'est difficile de se prononcer sans jeter un oeil de plus pres (pas trop loin l'oeil...)
Ca peut tout à fait etre un problème de DNS (ça explique souvent des choses), mais d'experience, un problème de performance aléatoire, tu as 90% de chances que ça vienne de tes scripts liés à la BDD (un joint de tables qui déconne, une insertion qui peut être lente, des purges qui ne se font pas bien, du cache qui se remplit, des fuites mémoires...).
Regarde un peu le tunning mysql et les logs que tu peux en tirer, tu y verras peut-etre plus clair...
Bon courage !
t.